Yo hace 10 años que estuve de visita y asistí a dos funciones: una Traviatta en el Teatro de los Estados (Stavoske divadlo) y una Rusalka en el Teatro Nacional (Narodni divadlo) (no sé cuál es el tercero al que te puedes referir). Sin duda es éste último al que, si puedes, tienes que acudir

El primero (según tengo entendido) se dedica a obras de repertorio con una compañía estable. El segundo, en cambio, viene a jugar el papel del gran teatro nacional. ¡Ánimo! que seguro que encuentras buenas entradas a buen precio (en mi caso fue la segunda función, dos noches después del estreno, en una butaca centrada de lujo a precio de risa). Una experiencia inolvidable. Eso sí, los sobretítulos (al ser una obra en checo) eran en inglés.
Si puedes (y te interesa) aprovecha para ver alguna obra de algún compositor checo (yo pagaría por volver y poder ver un Janacek). ¡Buen viaje!
